瞻对（今新龙），自同治四年（1865年）“赏藏”后，成了西藏在川边的一块“飞地”，造成“道途中梗”，极大地影响了西南边疆的政局，形成“藏侵瞻对，川不能救，英兵入藏，川不能战，藏危边乱，牵制全局。”凤全在《遵旨议复收瞻折》中亦称：“查瞻对本川省藩篱，而收还实保固根基”。故他“渴望收瞻之举，执事躬亲其役，早竞全功”。

    为筹备改土归流，凤全在调查中了解到“巴塘地方土司积弱，日以唆削番民为事，十室九空。僧多民少，大寺喇嘛多者四五千人，借以压制土司，刻削番民积习多年”。为此，他严饬土司、堪布奉公守法，并将大寺喇嘛令其各归部落，另建小寺，散住梵修，以分其势，复饬驻防守备张世彦，由土司选募“土勇”百名，训练协防“夹坝”（土匪）；再拟请申明旧制：“凡土司地方，大寺喇嘛不得逾三百名，以二十年为期，暂缓剃度。嗣后限以披单定额，不准私度一僧。其年在十三岁以内喇嘛，饬亲属领回还俗”。

    凤全的激进政策，触及到了封建宗教主的既得利益，使他们惊恐万分，深恐赖以生存的社会基础动摇，既得利益丧失，于是杀凤全之身，阻改革之行，便成为寺庙势力首要选择。按照《四川总督锡良成都将军绰哈布奏平定巴塘请奖折》分析，“查凤全遵旨筹办边务，虽欲拓兴屯垦，亦未当以峻急行之，只因拟请限制寺僧人数一疏，喇嘛闻知，中怀怨怼，飞诬构谤，蛊惑愚顽。”事实也正是这样，丁宁寺喇嘛利用凤全在改革中的一些失误，煽动蛊惑民众，谓凤全为世之“魔鬼”，于是阻屯垦谓神山不可侵犯，诬凤全为洋人冒充钦差，云收复瞻对是侵犯藏境。更有甚者，时巴塘遇旱，丁宁寺堪布便利用凤全每晨要做健身操的习惯，诱僧俗偷而视之，见凤全手比足踢，不以为解，即蛊惑说是凤全在祈祷上帝不要下雨，要叫巴塘颗粒无收，让藏民饿死，好占其地。在此种种手段之下，正土司罗进宝、副土司郭宗扎保也由“初不过潜预逆谋”，发展到“继则公然助恶”，使丁宁寺上层蓄意制造的这起事端逐步升级。

    光绪三十一年（1905年）二月二十一日，丁宁寺堪布坝哥朱格煽动七村沟民众劫夺垦场，洗杀垦民。凤全派兵前往阻止，遭到抗拒，劫垦场，杀垦夫之破坏行为有增无减，骚乱民众越聚越多。凤全在巴塘仅有130余人，根本无力稳定危局，只得飞章告急打箭炉同知刘廷恕：“近日巴塘番匪亦啸聚三四百人，日肆劫掳，声言打毁教堂，围攻衙署。全虽持以镇静，而兵力单薄，无能为力。用特飞函执事，即刻选派熟悉夷务能事哨弁，将全留炉卫队勇丁五十人率领驰赴巴塘，以壮声威，而资震慑。”