7年后的1894年，总理衙门屈服于法方压力，同意让巴塘及滇西北阿墩子等地的教士各回原地收回产业，并给偿恤银4万两，由川、滇两省各支付2万两。对此，滇省方面认为该地损坏的教堂已经修复，失物已归还，并有教会司铎收领证据为凭，不愿再支偿恤银两。川省方面虽支付赔款银2万两，但碍于巴塘民众“仇洋教甚深，与洋人誓不两立”，为劝其让传教士返回巴塘，已经发生“聚众毁署”事件，因此，表示不能照办。对此，法方一再施加压力。川省无奈，只好起用已任原雅州知府嵇志文前往开导。于1697年3月才说服巴塘僧众，同意护送传教士回去，还清地亩，修复教堂。纠缠近10年的此次教案，才告了结。

第五次教案

公元1904年(清光绪三十年)4月，清廷改派四川成都锦龙茂道的凤全为驻藏帮办大臣。他赴任行经巴塘逗留期间，因遇事“袒护洋人，办事悉为洋人而来”，激起当地民众的极大不满和愤慨。1905年2月21日至22日，僧众数百人围攻茨荔陇屯垦农场。至28日傍晚巴塘僧众3500余人兵分三路，一路直赴法国天主教堂；二路拦阻街道，截断行人和救援人员；三路围攻凤全住所。凤全方面由于寡不敌众，于3月1日被迫接受条件，暂退回打箭炉，行至离城20余里鹦哥咀(又名红亭子)时，遭伏击，凤全本人及50余名随行官兵全部被杀。由于这次教案与杀驻藏帮办大臣的重大事件联系在一起，历史上多统称为“凤全事件”。这次与杀大臣相结合的反洋教斗争，是巴塘发生的数次教案中牵扯、震动和影响最大的一次。它不仅延及川边，而且扩展到滇西北地区，使其毁教堂、杀传教士的事件也不断发生。云贵总督丁振铎，奏派提督张松林出兵剿办，历时半年多才算平息。

这次教案中，川边部分杀了法国传教士牧守仁和苏烈，杀死杀伤教民多人，焚烧3处教堂，挖了已故的两名司铎坟墓。滇西北部分，杀法国传教士余伯南和蒲德元，烧毁教堂10座，打死教民13人……此次教案的处理，法方利用因其与“凤全事件”相关联，便变事加利。法方驻打箭炉主教倪德隆赴巴塘查看时，和川滇边务大臣赵尔丰议定，赔偿烧毁教堂、财产什物，赈济教民等银四万四千余两；后又到成都会同法署领事何始康与四川洋务局司道续商，议定赔偿司铎命价及挖坟等费银七万八千余两。连同赵尔丰议赔款，合计为四川通用的九七平银约十二万三千两，期限为3年内分5期由省垫拨、兑付。双方于1906年(光绪三十二年)12月15日订约换文了结。云南方面，各项共赔银15万两，现交4万两，余银到1910年6月底交清。双方于